Il 2 giugno 1964 Trani festeggiò la promozione. Non più sul campo, ma in città fra la gente. Una festa un po' paesana ma che meritava rispetto come i baffoni sacrificati da un super tifoso, Giulio Orizzonte . Aveva cominciato a farli crescere 22 anni prima in un lager nazista. E non li aveva più tagliati. Il primo colpo di forbici lo dette il capitano di quel Trani, Cosmano, su un palco davanti al palazzo di città, perché la festa fosse di tutti. Un altro tifoso, un industriale manifatturiero ed ex presidente del Trani, Domenico Servodio, staccò un assegno di un milione quale suo personale grazie ai giocatori. La splendida avventura in B durò due anni. Di quel periodo si possono ricordare la vittoria contro il Napoli: 1-0 il 14 novembre 1964 gol di Paolo Lombardo (qualcuno l'aveva definito un "piccolo" Rivera), nel giorno dell'inaugurazione della gradinata dello stadio; quella col Bari del 2 maggio 1965, primo e unico successo dei tranesi negli scontri diretti con la squadra del capoluogo, firmata a un minuto dalla fine, con un perentorio stacco di testa (lui che sapeva giocare solo col sinistro) da Cosmano (centesimo gol col Trani) e la storica (perché unica in B) vittoria in trasferta sul campo del Parma ( 1-0 con rete di testa di Santino Barbato che complessivamente nel Trani ne ha segnate 17 in 131 partie). Tuttavia per salvarsi, dovette aspettare l'ultima giornata di campionato. Il gol di Giuseppe Malavasi contro il Monza , al 12' del primo tempo, gli dette la certezza del traguardo raggiunto.

Tutto male invece nella successiva stagione (1965-66). La squadra, più forte, aveva stupito in coppa Italia cedendo di misura al Napoli di Sivori e Altafini ( 1-2 il 29 agosto 1965 ), ma in campionato arrivarono le delusioni benché l'andamento del torneo avesse offerto ai tranesi parecchie opportunità per salvarsi anche quando la situazione sembrava ormai compromessa. Il Trani le fallì tutte, giocandosi la permanenza sul proprio campo dove perse sedici punti. Partite che sembravano già vinte furono gettate al vento e, ad aggravare la situazione, contribuì notevolmente il turbinio di allenatori: prima Felice Arienti , poi Francesco Capocasale e infine Federico Allasio (nelle ultime cinque giornate). Inutilmente perché, perdendo in casa col Genoa alla penultima giornata (1-2 il 12 giugno 1966) salutò mestamente la cadetteria. Doveva essere un arrivederci ed invece, nel giro di due anni, il Trani si ritrovò in serie D. Dopo due secondi posti, al terzo tentativo la squadra allenata dal taciturno e modesto Sergio Ballarin conquistò la promozione in C. Era la stagione 1970-71 e il Trani vinse il campionato agilmente utilizzando solo sedici calciatori. In testa dalla terza giornata, perse la prima partita alla sedicesima, nel derby con il Molfetta, centrando la matematica certezza del ritorno nella serie superiore alla trentunesima, battendo per 4-0 il Cerignola (il 2 maggio 1971), ultimo antagonista nella corsa alla promozione. Con quella stessa squadra a cui furono aggiunti solo tre elementi (Baffi, Rosati e Vieterbo) sfiorò nuovamente la B. Per quasi metà campionato in testa alla classifica, da solo o in condominio con Brindisi e Lecce, cedette nel finale alla maggiore esperienza e al più elevato tasso tecnico degli avversari, arrivando terzo alle spalle del Brindisi (allenato da Vinicio) e del Lecce.

Brevissima illusione perché, nel giro di due stagioni (con altrettante retrocessioni) si ritrovò, dopo 23 anni nella Promozione Pugliese da dove riuscì a risalire nel 1977-78, vincendo il campionato sotto la guida dell'allenatore e giocatore Mimmo Lamia Caputo , mitico portiere della promozione in B (con quelle di quell'anno raggiunse le 219 presenze con 164 reti subite complessivamente). A proposito di Lamia Caputo va ricordato che per due volte aveva giocato da attaccante segnando un gol e offrendo nell'altra un assist vincente. In panchina, nel 1977-78, sedeva, come dodicesimo, il giovanissimo Nicola Di Leo, ex allenatore della Fortis. Di Leo giocò comunque lo spareggio per il titolo pugliese, a Monopoli col Grottaglie (vittoria del Trani per 1-0).

Seguirono nove anni di "purgatorio" fra i semiprofessionisti (Serie D e Interregionale: con piazzamenti, salvo tre eccezioni, sempre fra i primi dieci). La svolta nella stagione 1987-88 al terzo anno di presidenza di Paolo Abruzzese, un commerciante di preziosi che è stato non solo il più longevo fra i presidenti (undici anni, fino al 1996) ma anche il più discusso. Abilissimo nello scegliere giocatori e tecnici, ebbe il merito di riportare, praticamente da solo, il Trani in C2 (appunto nella stagione 1987-88). A dirigere quella squadra c'era il prof. Rodolfo Conte, allenatore e insegnante di educazione fisica a Brindisi.
Il Trani vinse il campionato con un punto di vantaggio sul Corato, al termine di un entusiasmante duello prolungatosi - come tradizione - fino all'ultima giornata quando, con il pareggio conseguito sul campo del Penne (0-0 l'8 maggio 1988), la città dette sfogo alla gioia repressa da tanti anni. In quella stessa stagione, vinse il "Trofeo Jacinto", conquistando il titolo di campione d'Italia Interregionale, dopo aver superato Genzano e Ilvamari nel mini-girone preliminare, la Battipagliese in semifinale e, il 26 giugno 1988, nella finaledi Sinigallia, il Poggibonsi (2-1) con reti di Diego Favonio e Michele Gentile. Quest'ultimo,un altro grande attaccante: 43 gol in 138 partite e quarto posto assoluto fra i marcatori di sempre dopo Mimì Cosmano (101).

Con lo "scudettino" sulle maglie il Trani cominciò la nuova avventura in C2. Otto anni più che dignitosi, durante i quali per tre volte sfiorò la promozione in C1 nel 1988-89 e nell'89-90 (sempre con Rodolfo Conte in panchina) chiudendo entrambe le volte al quarto posto, e poi perdendola clamorosamente (allenatore Pino Raffaele) nel 1991-92, all'ultima giornata. Lungamente in testa alla classifica, finì al terzo posto dopo un finale spalla a spalla con Lodigiani e Potenza. Decisiva la sconfitta nella giornata conclusiva (14 giugno 1992) - quando ormai sembrava inevitabile lo spareggio col Potenza - sul campo di Pozzuoli con il Campania Puteolana, già retrocesso da diverse domeniche. I tranesi, in vantaggio alla fine del primo tempo per 2-1 benché in inferiorità numerica (era stato espulso Micciola per proteste), subirono una clamorosa rimonta da parte dei campani che, alla fine s'imposero per 3-2. Ma la squadra aveva anche speso troppo e arrivò a quell'appuntamento senza più energie nonostante gli "sforzi" del medico sociale Pinuccio Tarantini.

La grande amarezza e le tante polemiche che fiorirono dopo quello "strano" finale furono il preludio alla scomparsa della Polisportiva. Dopo altri tre anni di campionati da centroclassifica, Abruzzese, sempre più contestato dalla gente e soprattutto ignorato da chi avrebbe potuto aiutarlo, decise di mollare nel finale della stagione 1995-96 con la squadra praticamente già retrocessa, cedendo la guida della società a un certo Savino Sapienza. Il campionato si chiuse disastrosamente come era cominciato nonostante i 5 allenatori cambiati (Della Bianchina, Antonucci, Loschiavo, ancora Della Bianchina e poi di nuovo Loschiavo) con la sconfitta interna contro la Viterbese: 7-1 (la più netta subita in casa in 70 anni di storia).
Abruzzese aveva abbandonato volutamente la società in pessime mani, quelle appunto di Sapienza che, nella stagione successiva (1996-97), portò il Trani al fallimento e alla scomparsa. Si classificò all'ultimo posto, battendo una serie di record negativi fra cui quello delle reti segnate (appena 14 in 34 giornate) e dei gol subiti (80). Ma la delusione più cocente arrivò, dopo, nell'estate del 1997, con la mancata iscrizione al campionato di Eccellenza, nel quale era retrocesso, e dal quale era stato comunque escluso (e quindi radiato) per i debiti verso la Federazione (incredibile: avrebbe dovuto versare solo 12 milioni entro il 18 luglio).

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